27 февраля 2016 года митрополит Новгородский и Старорусский Лев совершил Божественную литургию в храме Рождества Богородицы Перынского скита.
Его Высокопреосвященству сослужили клирики Софийского собора иерей Михаил Ершов и диакон Никита Смирнов. Богослужение сопровождалось знаменным пением хора трудников Скита под управлением регента Ирины Виноградовой.
Пырынский Рождества Богородицы Скит основан на месте, где в древности находилось одно из крупнейших языческих святилищ восточных славян - капище бога-громовержца Перуна. В 991 году, после крещения Новгорода на месте языческого капища был построен христианский храм, потом монастырь, который в 1611 году был разорен шведами.
В Перыне до наших дней сохранилась церковь Рождества Пресвятой Богородицы, которая относится к концу 12 - началу 13 века и считается одним из самых маленьких храмов на Руси. Прямых сведений о его постройке нет, так как о каменной церкви Рождества Богоматери письменные источники ничего не сообщают. Ещё в 30-е годы прошлого века её считали постройкой 15 века. Лишь послевоенные исследования и проведенная на их основе реставрация позволили отнести храм к домонгольскому периоду и датировать концом 12 – началом 13 века. Надежным аргументом в пользу такой датировки служил материал и техника кладки из местного известняка и глины на цементном растворе, а также стилистические особенности характерные для новгородского зодчества рубежа 12 и 13 веков.
Предполагают, что ее построили в 1226 году, когда в Новгороде находился отец Александра Невского и проходили публичные выборы архимандрита. Работы по изучению церкви были начаты в 1947 году и продолжены одновременно с реставрацией здания.
Это небольшой одноглавый кубический храм, который близок в плане к квадрату со стороной около 8 метров. При обычной для новгородской архитектуры этого времени 4-х столпной структуре интерьера, имеет только одну ( в отличие от Нередицы) апсиду. Чуть сужающиеся кверху стены, лопатки, окна, барабан церкви усиливают эффект легкости и устремленности весь. Внутрь здания ведут три просторных входа. Они и широко расставленные стройные подкупольные столбы способствуют тому, что и при малых размерах церковь производит впечатление просторного, высокого сооружения.
Надкупольный крест имеет форму полумесяца, но тем не менее не имеет никакого отношения к мусульманской символике. Такая форма креста типична для домонгольского периода и происходит от "креста процветшего" или "креста виноградной лозы". Близ церкви сохранились три кирпичных одноэтажных здания, построенных в 19 веке для келий монахов-отшельников, обитателей Перынского скита. С начала 19 века на территории упразднённого по указу Екатерины II Перынского монастыря был основан принадлежавшей Юрьевской обители скит, в который удалялись постники и молчальники. В 1826 году архимандрит Фотий построил для них каменные кельи - сохранились три кирпичных одноэтажных здания. Тогда же была посажена сосновая роща, закрывающая скит со стороны Юрьевской слободки.
В советское время на месте скита располагалась туристическая база. В начале 90-х годов XX века Скит вместе со Свято-Юрьевым монастырем был возвращен Русской Православной Церкви.
